Действия одиночной компании, в отличие от других игр серии, происходят уже далеко за пределами нашей планеты. Земляне, которым сильно не хватало ископаемых и ресурсов, отправились искать их в других местах Солнечной системы. Все бы хорошо, если бы далеко от планеты Земля, на Марсе, не зародилось движение колонизаторов-повстанцев, жаждущих власти. Никто не был готов к тому, что это движение, назвавшее себя Фронтом Обороны Колоний (СДФ), собрало огромную армию и начало длительную и жестокую войну с Землей, надеясь захватить бразды правления в свои руки.